La deuxième saison de Pure continue de suivre Noah Funk, séparé de sa famille après avoir fui un affrontement meurtrier avec le cartel de la drogue ; son épouse Anna, leurs enfants Isaak et Tina, qui souhaitent désespérément retourner dans leur communauté mennonite ; Hector Estrada, le chef rusé du cartel qui force Anna à reconstruire le réseau de cocaïne en Ontario ; ainsi que Valerie Krochak, comptable de la police déterminée à retrouver Estrada.